行政处理商标侵权纠纷的流程主要包括以下步骤：
案源及管辖
案源：行政处理商标侵权纠纷的案源主要有两类，一类是商标权人或利害关系人的投诉，另一类是行政部门在日常监管等工作中主动发现.
管辖：一般由侵权人所在地和侵权行为发生地县级以上工商局管辖.
立案
工商行政管理部门在接到投诉或发现侵权行为后，会对相关信息进行审查，确定是否符合立案条件。立案需满足有侵权事实、需要给予行政处罚、属于立案工商局管辖范围以及人民法院尚未受理等条件.
调查取证
行政部门有权行使多种职权进行调查取证，如询问有关当事人，调查与侵权活动有关的行为；查阅、复制与侵权活动有关的合同、帐册等业务资料；对当事人涉嫌从事侵权活动的场所实施现场检查；检查与侵权活动有关的物品，对有证据证明是侵权的物品，可以查封或者扣押.
核审
这是办案机关内部实施监督的一种制度，通常由本机关法制机构承担，对案件的事实、证据、程序以及拟作出的处罚等进行审核.
告知
行政部门在拟作出处罚决定前，会向当事人告知拟处罚的事实、理由、依据，同时告知当事人有陈述、申辩的权利.
听证
如果案件属于听证范围的行政处罚案件，工商局会依法听取听证参加人的陈述、申辩和质证 ，以保证处罚决定的合法性和合理性.
决定
根据调查结果和核审意见，行政部门会作出相应的决定，具体包括：认定侵权行为成立的，作出行政处罚；侵权行为轻微，依法可以不予行政处罚的，不予行政处罚；侵权事实不能成立，不得给予行政处罚；侵权行为已构成犯罪的移送司法机关.
执行
作出行政处罚决定后，行政部门会监督当事人执行处罚决定，如责令停止侵权行为、没收和销毁侵权商品及工具、罚款等的执行情况.
备案存档
对整个案件的处理过程和结果进行备案存档，以便日后查阅和监管.