违法事实不能成立时该如何处理

立案阶段就撤销案件。起诉阶段就退回公安建议撤销案件，或者作不起诉决定。审判阶段应当依法宣判无罪。
公安机关对违法事实不成立的案件应怎样办理
根据《公安机关办理行政案件程序规定》第二百零四条之规定：
经过调查，发现行政案件有下列情形之一的，经公安派出所或者县级公安机关办案部门以上负责人批准，终止调查：
(一)没有违法事实的;
(二)违法行为已过追究时效的;
(三)违法嫌疑人死亡的;
(四)其他需要终止调查的情形。